不管是被逼使用還是自願使用，「安心出行」應用程式相信香港人幾乎絕大部份都每天在使用。但其安全與私隱問題一直都是大眾最關心的事，然而據《傳真社》報導，「安心出行」應用程式似乎存在一些安全隱患。
《傳真社》表示拆解了 Android 版本的「安心出行」應用程式，竟然在程式內發現使用了人臉識別模組，包括識別臉部五官特徵和位置的功能。但由於政府拒絕公開「安心出行」的源代碼，現時無法得知應用程式運作時是否有對用戶進行人臉識別。
安心出行應用程式由政府委託創奇思有限公司(Cherrypicks Limited)開發，根據安心出行網站公開的技術文件，承辦商使用的應用程式框架 React Native 可同時編寫 iOS、Android 系統的應用程式，兩者使用相同的代碼庫(codebase)，故 iOS、Android 版本的安心出行程式源代碼大致相同。《傳真社》未有測試 iOS 版的安心出行程式。iOS 版於上周六(30日)更新至3.2.1版本，Android 則仍更新至3.2.0版本。
政府資訊科技總監辦公室回覆傳真社查詢時承認，承辦商在開發程式時使用了包含人臉識別功能的現成模組，但強調安心出行沒有亦毋須採用相關功能，已要求承辦商研究「在不影響程式正常運作的前提下」從程式中刪除有關模組的可行性。
資訊科技辦公室回覆《傳真社》查詢時承認，承辦商在開發程式時使用了包含人臉識別功能的的現成模組，但強調安心出行沒有亦毋須採用相關功能，已要求承辦商研究「在不影響程式正常運作的前提下」從程式中刪除有關模組的可行性。
